溫度的高低對微粒的沉降速度影響較大，許多生物樣品常要求在較低溫度下離心分離。目前超速離心機的溫度控制多采非接觸的輻射測量裝置，通過安裝在轉頭下面的紅外線射量感受器直接連續地監測轉頭的溫度，以保證更淮確更靈敏的溫度調控，使其溫度控制精度達到+-1℃。一般高速離心機的溫度控制是在轉頭室裝置一個熱電偶，便可監視轉頭室的溫度。
         制冷系統的壓縮機采用全封閉式。由壓縮機、冷凝器、膨脹閥、熱交換器、毛細管、單通閥和蒸發器等組成。用接觸式熱敏電阻作為感溫元件的控溫儀，使用方便。在測量儀表上可選擇溫度和讀出其溫度控制值。為了充分發探制冷效果，最佳環境溫度為5~20℃，此時，可使離心室溫度控制在。+-2℃，若環境溫度過高(大于35℃)，高速及超高速冷凍離心機則不能工作。
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